La Compañía de Jesús, se fundó por San Ignacio de Loyola en 1534, y ratificada por el Papa Pablo III en 1540. "A la mayor gloria de Dios" su lema y su objetivo fue el de difundir la fe católica por medio de la predicación y la educación, así como trabajar en lugares y momentos en que lo solicitó la Iglesia.
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La Compañía de Jesús, se fundó por San Ignacio de Loyola en 1534, y ratificada por el Papa Pablo III en 1540. "A la mayor gloria de Dios" su lema y su objetivo fue el de difundir la fe católica por medio de la predicación y la educación, así como trabajar en lugares y momentos en que lo solicitó la Iglesia.
La Compañía de Jesús se expandió por los territorios de América conquistados y colonizados por los españoles, a lo que estos contribuyeron con su doctrina de carácter educacional-religiosa. Los jesuitas llegaron a Salta en 1586 y desde ese lugar iniciaron la obra misionera en la zona de Jujuy.
Las misiones jesuíticas del antiguo Tucumán, en la zona de Jujuy fueron las reducciones de Yavi, en Cangrejos (Cangrejos Grandes), Cochinoca, Rinconada y Casabindo; no fueron reducciones estables, solo residencias temporales. Los jesuitas al igual que otros religiosos de la época tuvieron un continuo enfrentamiento con algunos encomenderos, que, por su codicia, solo le interesaban que los aborígenes cuidasen de sus propiedades y no les agradaba que estos aprendieran educación.
El Padre Fonte fue destinado jefe de las misiones de la Puna (Casabindo y Cochinoca) y el Padre Gaspar Monroy se le encargó la tarea de la evangelización y educación en la Quebrada de Humahuaca. Este solicitó permiso a Diego Viltipoco, el cual le permitió evangelizar a cinco poblados. El Padre Monroy bautizó no solo a los cinco poblados autorizados por Viltipoco, sino que difundió a todos los poblados no acreditados por el cacique, lo que provocó que este se molestase, pero llegó a un acuerdo de paz; Diego Viltipoco había sido bautizado en su niñez. Monroy continúo la evangelización hasta Cochinoca.
Los Jesuitas eran propietarios de la zona de El Molino, en Yala, y de otros inmuebles, que dependían directamente del Convento de Salta. Los Jesuitas habitaron en ocasiones en el Hospital San Roque y en casa de particulares al no poseer una residencia propia en Jujuy. Los Superiores Generales de la Compañía de Jesús aprobaron la construcción de un convento en 1735 en Jujuy, y nombraron como Rector de la fundación al Padre Simón Bailina. Pero los franciscanos y mercedarios intervinieron en la aprobación de la real cédula de autorización; como resultado dio una negativa por parte del gobierno en la construcción del establecimiento.
Por todos los inconvenientes ocurridos a fines de 1759 se nombró al Superior de la Casa de Jujuy al Padre Pedro Lizoain en sustitución del Padre Juan Nicolás Aráoz, que fue destinado al Colegio de La Rioja. El proceso de la caída de los jesuitas había iniciado a principio de 1760, por esto el 25 de octubre de 1765, una real Cédula negó la autorización para la fundación de un Hospicio o Casa de los Jesuitas en Jujuy.
La Compañía de Jesús estuvo marcada por una constante oposición a su labor, especialmente por particulares que veían amenazados sus patrimonios, y debido al entusiasmo que ponían en todo lo que representaba reformas eclesiásticas, se ganaron la oposición del clero. En el amplio programa de las Reformas Borbónicas del reinado de Carlos III de España, se elaboró un Dictamen Fiscal por Pedro Rodríguez Campomanes en el que acusó a la Compañía de Jesús, de: instigadores de motines, enemigos del Rey, acumulación de riqueza y aspiración de poder.
Por esta acusación el rey expulsó a la Compañía de Jesús de todo el territorio español, tanto peninsular como de las colonias, en febrero de 1767; y en agosto de ese año la orden llegó a Jujuy y Salta.