Jujuy era el único centro urbano donde no se establecieron los franciscanos, hasta que el Padre Fr. Baltasar Navarro (custodio de la orden Franciscana de Tucumán) emprendió una tarea legislativa para su establecimiento.
Los franciscanos poseían conventos en todos los centros urbanos en el antiguo Tucumán del siglo XVI; dominios de los reyes Habsburgo de España.
Jujuy era el único centro urbano donde no se establecieron los franciscanos, hasta que el Padre Fr. Baltasar Navarro (custodio de la orden Franciscana de Tucumán) emprendió una tarea legislativa para su establecimiento.
En el año de 1599 dos franciscanos partieron de Santiago del Estero rumbo al poblado de "San Salvador de Velazco en el Valle de Jujuy". En este poblado organizaron la primera construcción del Templo, en un terreno donado por Don Alonso de Tovar (ubicado en el sitio donde se encuentra actualmente). La primera edificación era una humilde capilla con un reducido número de celdas, hechas de adobes con techos cubiertos de pajas. A este edificio se le designó el nombre de convento de San Francisco.
La proximidad del Chaco y las incursiones de los indígenas al poblado de Jujuy, obligó al Vice-custodio Fray Miguel de San Jorge del Tucumán a retirar al único habitante del convento en los primeros meses de 1609.
El 5 de abril de 1611 se reanudó la construcción del convento y los franciscanos se radicaron definitivamente en Jujuy.
En 1680 se demolió la primera construcción, se levantó un edificio más amplio con techo de madera labrada, cubierto por tejas de barro, pisos de ladrillo y una torre con cuatro campanas.
El padre Mariano Remigio Lencinas, único franciscano de la ciudad, participó en el Acta de la Autonomía Política de Jujuy con respecto del Cabildo de Salta, el 18 de noviembre 1834.
Entre 1840 y 1866, ante la falta de sustento económico el convento cerró sus puertas. En 1863 llegaron de Salta el Padre Pedro Pellici con un grupo de jóvenes misioneros, procedentes de Italia, se establecieron en la ciudad de Jujuy; y con el apoyo de Escolástico Zegada integraron la comunidad del Hospicio de Jujuy.
El 11 de de octubre de 1867 el coronel Felipe Varela llegó a Jujuy, el gobernador Cosme Belaunde abandonó la ciudad junto con sus tropas dejando la ciudad indefensa ante el pillaje de los hombres de Varela. Pero algo extraño sucedió Varela no saqueo el convento. El 17 de octubre Varela abandonó Jujuy rumbo a Bolivia.
El Hospicio empezó a funcionar permanentemente y el 2 de noviembre de 1870 el hospicio de Jujuy fue declarado Convento de Misioneros con la absoluta independencia de Salta. Por facultad del Papa Pío IX se concedió al Padre Guardián pro-témpore y su Discretorio todos los derechos, facultades y privilegios con los cuales contaban los demás Colegios de Propaganda Fide que existían en el país.
En 1912 se comenzó la tercera edificación que perdura hasta nuestros días. Los constructores Manuel Macchi, Isidoro Delgado y José Cosentini tuvieron a su cargo la obra de estilo neoclásico, con forma de Cruz Latina. La construcción terminó en 1927. El estilo de la nueva iglesia es Corintio Clásico.
El templo que actualmente se levanta está en la esquina de las calles Belgrano y Lavalle; y en la esquina del templo se erigió el monolito de Km. Cero de la provincia de Jujuy, lo cual revela que el templo está en el centro de la ciudad.
En la década de los años veinte la sociedad italiana de Jujuy había pedido una donación al gobierno de Italia. El pedido de la donación fue respondido por el gobierno de Italia y en junio de 1935 se inauguró la Estatua de San francisco donada por el gobierno de Italia, que en ese momento estaba gobernado por Benito Mussolini.
En el año 1994 por iniciativa de la comunidad se creó el museo de Arte Sacro, trasladándose en 2008 a las actuales instalaciones.
En el año 2009 exactamente 410 años después de la llegada de los primeros franciscanos a la ciudad, la iglesia recibió el título Basílica Menor.